Wann die erste Kirche gebaut wurde, lässt sich heute leider nicht mehr ermitteln. Zweifellos ist sie die älteste bestehende zwischen Dresden und Meißen. Längst bestand sie 1273, als das „Archidiakonat Nisan“, zu dem auch unsere Kirche gehörte, gegründet wurde.
1429 wurde der ganze Ort durch die Hussiten zerstört. Fast ein halbes Jahrhundert verging, bis der Wiederaufbau in Angriff genommen wurde. Finanzielle Unterstützung erhielt die Gemeinde durch einen Ablassbrief, dessen Einkünfte für den Wiederaufbau bestimmt waren.
Die Inschrift der Sandsteintafel an der Nordseite des Turmes besagt, dass man mit dem Bau 1477 begann. Der Kirchenneubau dauerte wiederum fast ein halbes Jahrhundert. Die Jahre ab 1507 werden durch ein altes Kirchenrechnungsbuch dokumentiert, als Baumeister wird Meister Steffe(a)n genannt. 1510 konnte die neue Kirche eingeweiht werden. Von ihr steht noch der Altarraum mit den drei gotischen Fenstern und der Turm bis zur Brüstung über der Uhr.
1539 wurde, wie im ganzen albertinischen Sachsen (Meißen und Dresden) die Reformation eingeführt. Im gleichen Jahr wird Veit Hammer als erster evangelischer Pfarrer in sein Amt berufen, der erste evangelische Lehrer (eine Schule in Kötzschenbroda wird erstmals 1536 erwähnt) war Egidius Lessing.
1598 zerstörte ein Großbrand viele Häuser in Kötzschenbroda, auch das Pfarrhaus und der Kirchturm wurden in Mitleidenschaft gezogen. 1627 war der Wiederaufbau nach diesem Brand beendet.
Im Dreißigjährigen Krieg wurde unsere Kirche am 14. März 1637 durch die Schweden mitsamt dem ganzen Ort aufs Neue zerstört. Nur drei Häuser sollen stehen geblieben sein.
Diesmal begann der Wiederaufbau bereits im Jahr der Zerstörung. Kurfürst Johann Georg I. besuchte unsere Kirche oft wenn er auf seinem Wochenendschloss „Hoflößnitz“ weilte. Er unterstützte den Bau mit Geld, stellte Bauholz zur Verfügung und beauftragte den Landesbaumeister Ezechiel Eckhard mit der Leitung des Baus.
Das Bild links neben dem Eingang zum Turmzimmer zeigt diesen Kurfürsten. 1656 war der Kirchenbau vollendet. Er erhielt nun auch vier Glocken und eine Uhr. Schon 1638 wurde der Altar des kurfürstlichen Bildhauers Zacharias Hegewald aufgestellt, 1639 eine Taufe von Sebastian Walther und 1642 lieferte Andreas Schirmer aus Tharandt die Kanzel, deren Korb heute wieder in Gebrauch ist. 1646 wurde die Decke fertig gestellt und eine Orgel von Tobias Weller eingebaut.
1746 erhielt die Kirche durch den Schüler George Bährs, Johann Georg Schmidt, eine barocke Turmhaube. Ein kleines Ölbild im linken Seitenschiff zeigt die Kirche zu dieser Zeit.
1839, zum 300-jährigen Reformationsjubiläum in Sachsen, wurde die Linde angepflanzt, die vor dem Kirchhof stand, sie musste 2004 leider gefällt werden.
1882 fassten der Kirchenvorstand und der Rat der Gemeinde den Beschluss zum Kirchenneubau, weil man nicht sicher wusste, „ob das alternde Gotteshaus bei starkem Besuch noch die nötige Sicherheit gewähre oder nicht vielmehr Leib und Leben gefährde“. Auch war die Gemeinde in dieser Zeit stark gewachsen und die Kirche zu klein geworden.
Der Kirchenumbau erfolgte nach Plänen des Dresdner Architekten Karl Weißbach. Der gotische Altarraum und der untere Teil des Turmes blieben erhalten, das Kirchenschiff wurde abgerissen und höher und breiter wieder aufgebaut.
Leider wurde auch die Innenausstattung dem Geschmack dieser Zeit angepasst und die künstlerisch wertvollen Stücke aus dem 17. Jahrhundert (Altar und Taufe) weggegeben. Teile des Altars wurden verkauft, andere verbrannten 1945 im Sächsischen Altertumsmuseum in Dresden. Die Taufe wurde an eine Diaspora- Gemeinde in Rosendorf in Böhmen verschenkt. Lediglich der hölzerne Kanzelkorb blieb erhalten.
Am 18. Mai 1884 wurde der Abschiedsgottesdienst gehalten. Am Tag darauf begannen die Abbrucharbeiten. Die festliche Einweihung konnte schon am 9. August 1885 begangen werden. Seit dieser Zeit hat die Kirche das heutige Aussehen. Das Kirchenschiff ist nun 10 Meter breit, 22,40 Meter lang und 13,30 Meter hoch. Die Höhe des Turmes beträgt 53 Meter.
Schon in den 20-iger Jahren des vorigen Jahrhunderts wurde die Kirche innen erneuert.
Eine Außen- und Innensanierung erfolgte 1961-1963. Wesentlich dabei war die Aufhellung des Innenraumes durch Abbeizen der schwarz-braunen Farbe vom gesamten Gestühl, den Emporenbrüstungen und der Holzdecke.(Wobei Sie an Letzterer in etwa erahnen können, wie die Kirche in jenen „dunklen Zeiten“ ausgesehen haben könnte)
Die Altarfenster erhielten neue Farbglasbilder. (s. als gesonderte Beschreibung „Die Altarfenster“)
Die neogotische Innenausstattung wurde entfernt. Als Altar wurde ein schlichter Steintisch aufgestellt, der den Blick auf die Altarfenster freigibt. Auf die Kanzel wurde wieder der noch vorhandene Korb (1642) aufgesetzt.
Aus Anlass des 350-jährigen Jubiläums der Unterzeichnung des Waffenstillstands zwischen Schweden und Sachsen im Dreißigjährigen Krieg wurde 1995 das Turmzimmer als Gedenkstätte an dieses Ereignis ausgebaut.
Ende des vorigen Jahrhunderts machte sich eine grundlegende Sanierung der Orgel erforderlich. Um diese durch eine ebenfalls erforderliche Innensanierung nicht wieder einer Verschmutzung auszusetzen, erfolgte diese 2000. Die durch die Firma Jehmlich gründlich sanierte Orgel konnte im Oktober 2000 wieder geweiht werden.
Im August 2002 erreichte die Jahrhundertflut der Elbe zwar den alten Friedhof hinter der Kirche, diese selbst blieb jedoch vom Hochwasser verschont. Allerdings machten sich Sanierungsarbeiten an den Stützmauern nach der Elbe zu und die Trockenlegung der Fundamente erforderlich.